L'ACGT est organisée en 6 directions placé sour l'autorité de Charles Médard ILUNGA MWAMBA, Directeur Général et Nico NZAU NZAU, Directeur Général Adjoint. Outre les Directions, d'autres Entités dépendent de la Direction Générale, notamment le Noyau Qualité, la Cellule de Gestion de Passation des Marchés Publics (CGPMP) et 3 Antennes Provinciales (Grand Katanga pour les provinces démembrées du Katanga, Kongo Central, Grand Kivu pour Nord-Kivu et Sud-Kivu).
Direction Générale
Définir la politique et les stratégies de mise en œuvre de toutes les ressources de l’ACGT.
Direction de l'Audit et de Contrôle
S’assurer que les procédures, règlements, politiques, stratégies de l’ACGT sont appliqués et proposer des améliorations.
Direction Financière
Gérer les finances, la logistique et le patrimoine de l’ACGT.
Direction Administrative et Juridique
Gérer les Ressources Humaines et les contentieux juridiques.
Direction des Etudes et Développement
Réaliser les études et la conception des ouvrages en vue de maîtriser la qualité, le coût et le délai d’exécution des projets.
Direction de Gestion des Projets
Manager (planifier, suivre la mise en œuvre et évaluer) les projets d’infrastructures en vue d’en maîtriser la qualité, le coût et le délai.
Noyau Qualité
Mettre en œuvre et entretenir le Système de Management Qualité (SMQ) à l’ACGT.
CGPMP
Conduire l’ensemble de la procédure de gestion des projets et de passation des marchés de l’ACGT.
Antennes Provinciales
Répresenter la Direction Générale de l'ACGT dans les provinces.